Родился в с. Дядьково Дмитровского района. Учился в Дмитровской средней школе №1.
В 1940 г. окончил Качинскую военную авиационную школу пилотов, служил в ней летчиком-инструктором. В 1943 г. был на фронте. За три месяца совершил несколько боевых вылетов, сбил 4 самолета. В 1948 г. окончил Высшие офицерские курсы. С 1953 г. – летчик-испытатель. С 1955 г. он шеф-пилот конструктора П.О. Сухого. Первым в стране превысил в полете скорость звука в два раза.
16 сентября 1957 г. за освоение новой военной техники и проявленное при этом мужество старшему летчику-испытателю подполковнику В.Н. Махалину присвоено звание Героя Советского Союза. С 1957 г. – в запасе. Награжден 2 орденами Ленина, орденами Красной Звезды, Красного Знамени, медалями.
В 1988 г. 4-му микрорайону г. Дмитрова присвоено его имя.